Pada tahun 2004, Prius direka semula sebagai model liftback bersaiz sederhana, dislotkan antara Corolla dan Camry, dengan pengagihan semula sistem mekanikal dan ruang dalaman yang meningkatkan ruang kaki di tempat duduk belakang serta ruang but. Model 2004 Prius lebih mesra alam daripada model 2001 (menurut EPA), serta 6 milimeter (0.24 in) lebih panjang daripada versi sebelumnya.[17] Badan Kammback yang lebih aerodinamik menyeimbangkan panjang dengan rintangan angin bagi menghasilkan pemalar heretan ( Cd) 0.26.[18] Usaha pembangunan ini, diketuai oleh ketua jurutera Shigeyuki Hori, membawa kepada 530 paten berdaftar bagi kenderaan tersebut.[19]

Prius menggunakan pemampat elektrik bagi sistem pendingin udara, pertama kali dalam industri,[20] serta menambah sistem stereng kuasa elektrik bagi mengurangkan perkakasan enjin pacuan tali sawat. Digabungkan dengan bateri NiMH yang lebih kecil dan lebih ringan, model XW20 lebih berkuasa serta lebih cekap daripada XW10.[21] Di AS, pek bateri 2004 Prius diberikan jaminan 100,000 batu (160,000 km) atau 8 tahun.[22] Jaminan komponen hibrid di California serta tujuh lagi negeri timur laut AS yang turut mengguna pakai piawaian emisi California ialah 150,000 batu (240,000 km) atau 10 tahun.

Ia diklasifikasikan sebagai SULEV (Kenderaan Emisi Super Ultra Rendah) serta diperakui oleh Lembaga Sumber Udara California sebagai "Kenderaan Berteknologi Canggih Emisi Hampir Sifar" (AT-PZEV).[23]

Antara tahun 2005 hingga 2009, Prius generasi kedua dibina oleh FAW-Toyota di bandar raya Changchun bagi pasaran China.[24] Adalah dilaporkan bahawa sejumlah 2,152 Prius telah terjual pada tahun 2006 dan 414 pada tahun 2007. Jualan yang sangat rendah ini dikatakan berpunca daripada harganyanya yang sangat mahal di sana, lebih kurang AS$15,000 lebih mahal daripada model Jepun dan AS, disebabkan dut import yang terlalu tinggi bagi komponen import.[25]Pada awal Mac 2008, Toyota memotong harga Prius sehingga lapan peratus atau antara AS$3,000 sehingga AS$36,500. Timbul juga tanggapan yang mengatakan jualan di sana merosot diseabkan kurangnya penerimaan serta persaingan yang semakin sengit. Honda Civic Hybrid dieksport ke China bermula tahun 2007.[26]